Существует несколько версий о том, как складывалась судьба этого человека по окончании Второй Мировой войны.
Советская версия. В течение Нюрнбергского процесса при допросе руководителя разведки службы безопасности Шелленберг дал следующие показания: по его словам, Мюллер благосклонно относился к личности Сталина и СССР, был агентом разведки СССР. По словам любовницы Мюллера, Анны Ш., Мюллер имел фальшивый паспорт т капсулу с ядом. После взятия Берлина в городе было обнаружено два труппа в форме группенфюрера СС, имевших при себе документы Мюллера. Но после проведенной экспертизы обнаружилось, что останки не принадлежат Мюллеру. После проведения допросов немецких военнопленных, большинство из них указали следующее место пребывание Мюллера – СССР.
Американская версия. Военные действия дошли и до Берлина. Последним здание Гестапо покинул Генрих Мюллер, взлетев с соседней улицы на двухместном «Шторхе». Через какое-то время его уже видели в Швейцарии, куда заранее были доставлены его вещи. В 1948 году американские спецслужбы завербовали Генриха для работы на ЦРУ, пообещав ему политическое убежище, дом, приличную заработную плату, обеспечив при этом полную секретность.