Для большинства советских людей эта организация вызывала негативные чувства, а все потому что, зачастую она ассоциировалась с жестокой машиной политических репрессий.
Многие граждане настолько боялись НКВД, что часто предпочитали, к примеру, загодя собрать чемодан с необходимой одеждой и принадлежностями, так как в любую минуту после визга тормозов служебного автомобиля возле их дома, в дверь могли войти они…беспощадные слуги тоталитаризма. Большая часть арестованных советских граждан, чаще всего незаслуженно, много лет прибывали в стенах лагерях ГУЛАГа или им выносили высшую меру наказания — расстрел.
Во время Отечественной войны работа этой структуры мало, чем отличалась от тридцатых годов. Массовым арестам подвергались в первую очередь политические активисты, интеллигенция, военные, пенсионеры, религиозные деятели..
Другими словами, все кто, по их представлениям, «являлся опасным для общественности». Примерно сто тысяч человек стали жертвами сталинских репрессий, и исполнителями воли главных руководителей страны становились солдаты НКВД.

Помимо этого, существовали так называемые, заградительные отряды, которые располагались сзади неустойчивых и ненадежных войск, чтобы предотвратить вероятное бегство солдат с поля боя и повысить их стойкость, а также воспрепятствовать возникновению среди них паники. Такие отряды организовывались в крайних случаях и из хорошо подготовленных бойцов.
Ну а если было необходимо, то заградительные отряды сами начинали сражение с гитлеровцами, часто спасая положение.

С 22 июня по 10 октября 1941 года специализированными отделами НКВД и заградительными отрядами НКВД по охране тыла было арестовано около семисот тысяч солдат, отставших от своих гарнизонов и сбежавших с места сражения.
Из них оперативными заслонами Особых отделов было остановлено примерно 25о тысяч солдат и заградительными отрядами по охране тыла – чуть более 400 тысяч военнослужащих.
Из задержанных военнопленных, особыми отделами было арестовано около 26 тысяч человек, остальные шестьсот тысяч человек укомплектованы в части и снова направлены на фронт.