Знакомство знаменитого боксера-любителя Науйокса с нацистскими деятелями произошло с его участия в устраиваемых ими уличных драк со своими политическими оппонентами.
В 1931 году двадцатилетним юношей он пошел служить в войска СС, нуждавшиеся в «молодых убийцах», а через три года его взяли на работу в СД, где блестяще себя проявил в умении принимать оперативные решения и идти на отчаянный риск. Благодаря этому Науйокс обратил на себя внимание Гейдриха и стал одним из его доверенных лиц.

Сперва ему поручили руководить отделом, занимавшимся созданием поддельных документов, паспортов, удостоверений личности и подделкой иностранной валюты.

До начала войны Науйокс совместно с Шелленбергом поучаствовал в похищении двух разведчиков-англичан на немецко-голландской границе. Науйоксу также было поручено найти веские причины для вероломного вторжения немецких оккупантов на нидерландские земли в мае 1940 года. Помимо этого, ему принадлежит идея создания экономической диверсии (операции «Бернард») против Англии путем распространения на ее территории фальшивых банкнот.

В начале 40-х Науйокса уволили из СД за то, что он посмел оспорить приказ Гейдриха, строго наказавшего за малейшее непослушание. Вначале его отправили в одну из частей СС, а в 1943 году — на Восточный фронт. В течение года Науйокс служил в оккупационных бельгийских войсках. Документально прибывая на должности экономиста, этот один из «везучих и хитрых разведчиков» третьего рейха периодически был привлечен к выполнению «спецзаданий», среди которых стала организация несколько масштабных террористических акций, окончившиеся убийством огромной группы активных сторонников голландского движения Сопротивления.

В 44-м году Альфред Науйокс, сдавшись в плен американцам, в конце войны был помещен в концлагерь для военных преступников, однако он смог сбежать оттуда прежде чем, как предстать перед председательствующими Нюрнбергского суда.