Принципиальное отличие структуры гестапо от структуры полицейской власти в других странах состояло в том, что она носила идеологический и расовый характер. Политическую полицию рейха интересовали не отдельные лица (преступники, нарушители законов), а целые категории и группы населения, которые по тем или иным идеологическим и расовым причинам считались неугодными нацистскому режиму.
Организационная структура гестапо неоднократно изменялась. После основания она делилась на 10 отделов, из них — один «общий» и один для проведения арестов. Остальные 8 отделов имели задачей наблюдение за определенными политическими движениями. После того, как гестапо было переподчинено Гиммлеру, оно было разделено на 3 главных отдела (управление, политическая полиция, полиция защиты – Abwehrpolizei). Политическая полиция продолжала придерживаться организационного разделения по функциональному принципу.
Когда в 1936 г. произошло объединение с криминальной полицией в полицию безопасности, из соответствующих подразделений было создано единое Управление по руководству и персоналу, которое регулировало интересы обоих полицейских учреждений.